Pada 24 Mac 2008, keluarga Aquino mengumumkan bahawa bekas Presiden itu telah didiagnosis dengan kanser kolorektal. Apabila beliau dimaklumkan terlebih dahulu oleh doktor bahawa beliau hanya mempunyai tiga bulan untuk hidup,[1] beliau menjalani rawatan perubatan dan kemoterapi. Satu siri penyembuhan Massa untuk Aquino (seorang Katolik yang taat) telah diadakan di seluruh negara untuk pemulihannya. Dalam satu kenyataan awam semasa satu penyembuhan Massa pada 13 Mei 2008, Aquino berkata bahawa ujian darahnya menunjukkan bahawa dia bertindak balas dengan baik; rambutnya dan kehilangan selera makannya jelas.[2]

Menjelang Julai 2009, Aquino dilaporkan berada dalam keadaan yang sangat serius, mengalami kehilangan selera makan, dan dibawa ke Pusat Perubatan Makati.[3] Ia kemudian mengumumkan bahawa Aquino dan keluarganya memutuskan untuk menghentikan kemoterapi dan campur tangan perubatan lain untuknya.[4][5]

Aquino Aquino meninggal dunia di Pusat Perubatan Makati pada jam 3:18 pagi pada 1 Ogos 2009 akibat kegagalan kardiorespiratori; beliau berusia 76 tahun.[6]